Für den Flötenbau werden verschiedene Materialen verwendet, heute vor allem Holz aber auch Kunststoffe oder Kombinationen. Das Material an sich hat weniger Auswirkungen auf den Klang als man vermuten mag, wobei es diesbezüglich sehr unterschiedliche Meinungen und Ansichten gibt.
Die Firma Küng schreibt dazu: „Der Einfluss der Holzarten auf den Klang wird oft überbewertet, die unterschiedliche Mensur oft unterbewertet.“ Klangliche Auswirkungen hat aber sehr wohl z.B. die Oberflächenstruktur im Inneren der Flöte (z.B. rau oder glatt) und damit indirekt das Material. Sehr glatte Innenwände lassen den Klang unter Umständen steril wirken. Auch Wandstärke, Mensur, Größe des Labiums (breiter = meist größere Intensität), Höhe des Kernspaltes und natürlich die Spieltechnik wirken sich auf den Klang aus und das in der Regel mehr als das Material selbst.
Geeignetes Holz muss hart, feinporig, dicht und elastisch sein. Flöten guter Qualität baut man vorzugsweise aus harten Hölzern (beispielsweise Buchsbaum oder Ebenholz), was die Haltbarkeit (z.B. auch der Labialkante – lange Lebenserwartung) und die Möglichkeiten feinster Verarbeitung erhöht. Sie bedürfen besonderer Pflege, da sie leichter reißen, als weichere Hölzer (z.B. Ahorn oder Birne). Diese sind pflegeleichter und werden vielfach – häufig mit Paraffin imprägniert – für Schulflöten eingesetzt.
Die Firma Moeck sagt zu ihren Flöten, dass die Modelle aus weichen Hölzern auch weicher klingen, als die aus harten Hölzern. Das hat aber sicherlich noch viel mehr Gründe, als lediglich die Art des Holzes (siehe oben). Die Erwartung des Kunden spielt hier bestimmt ebenfalls eine Rolle. Ahorn ist ein relativ günstiges Holz, bietet sich also für preiswertere Flöten an, die natürlich auch klanglich andere Vorstellungen erfüllen müssen als Solistenflöten.
Hochwertige Flöten werden per Hand nachintoniert, sind aus ausgesuchten Hölzern und haben häufig einen engen Windkanal (Kopien barocker Soloflöten). Dadurch wird die Tonbildung druckunabhängiger und es wird sogar bedingt dynamisches Spiel möglich. Der Klang ist obertonreich. Flöten mit engem Windkanal sind etwas für „Könner“ oder Schüler sehr achtsamer Lehrer, da sie die Atemstütze voraussetzen (durch höheren Druck lagern sich z.B. weniger Feuchtigkeitspartikel auf dem Block ab). Ein Gütemerkmal ist auch ein gebogener Windkanal. Er schafft z.B. mehr Stabilität und folgt der Form der Flöte.